Strona główna > Struktura organizacyjna > Oddziały i zamiejscowe Zakłady Naukowe > Oddział w Boninie > Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Biochemii

Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Biochemii

dr Krzysztof Treder - kierownik pracowni, adiunkt
tel. 94 342 30 31 w. 207
e-mail: k.treder@ihar.edu.pl

 

Pracownicy naukowi:

dr Krzysztof Treder - adiunkt, kierownik Pracowni
tel.: (94) 342 30 31 w. 207
e-mail: k.treder@ihar.edu.pl

dr inż. Agnieszka Przewodowska - adiunkt
tel.: (94) 342 30 31 w. 266
e-mail: a.przewodowska@ihar.edu.pl

dr inż. Włodzimierz Przewodowski - adiunkt
tel.: (94) 342 30 31 w. 211
e-mail: w.przewodowski@ihar.edu.pl

           mgr inż. Katarzyna Salamońska - asystent
           tel.: (94) 342 30 31 w. 241
           e-mail: k.salamonska@ihar.edu.pl 

Personel badawczo-techniczny:

mgr inż Szarek Dorota - tel.: (94) 342 30 31 w. 241
mgr inż. Anna Pawłowska,
mgr inż. Bogumiła Zacharzewska,
mgr inż. Wioleta Stochła,
st. technik Maria Fedczak,
tel.: (94) 342 30 31 w. 241

Opis Pracowni

W Pracowni Diagnostyki Molekularnej i Biochemii opracowywane są immunologiczne i molekularne metody diagnostyczne, służące do wykrywania najważniejszych pod względem ekonomicznym wirusów i bakterii ziemniaka. Wytwarzane są poliklonalne przeciwciała królicze do wykrywania wirusów ziemniaka (PVY, PVM, PLRV, PVX, PVS), jak również przeciwciała do wykrywania bakterii Clavibacter michiganensis ssp. sepedonicus (Cms). W ramach diagnostyki molekularnej opracowywane są metody wykrywania patogenów ziemniaka za pomocą testu PCR oraz metod izotermicznej amplifikacji kwasów nukleinowych. Ponadto prowadzone są badania nad białkami ziemniaka posiadającymi potencjał użytkowy. Charakteryzowane są między innymi peroksydazy ziemniaczane, białka i peptydy o aktywności antybiotycznej oraz enzymy związane z odpowiedzią na stres biotyczny i abiotyczny. Podejmowane są również badania nad wykorzystaniem profili białek i kwasów nukleinowych do różnicowania szczepów patogenów oraz identyfikacji odmian ziemniaka. W 2007 roku opatentowano procedurę izolacji peroksydaz z wycierki ziemniaczanej a w ostatnich latach uzyskano siedem patentów (w tym jeden międzynarodowy) dotyczących diagnostyki bakterii Cms. Ponadto od lat odbywają się praktyki studenckie dla studentów ostatnich lat kierunków o profilu biologicznym i biotechnologicznym.

Tematyka badawcza:

  • Opracowanie metod wykrywania wirusów ziemniaka (PVY, PVM, PLRV, PVX, PVS) oraz wiroida wrzecionowatości bulw ziemniaka (PSTVd) za pomocą RT-PCR oraz izotermicznych metod amplifikacji kwasów nukleinowych.
Porównanie czułości wykrywania wirusa Y ziemniaka (PVY) za pomocą izotermicznego testu RT-LAMP z klasycznym RT-PCR (A) i z RT-PCR w czasie rzeczywistym (B).
  • Opracowanie czułych i specyficznych testów do wykrywania bakterii Clavibacter michiganensis ssp. sepedonicus.
Kolonie szczepów Clavibacter michiganensis ssp. sepedonicus (Cms) na podłożach (A). Specyficzność opracowanych testów immunochromatograficznych względem różnych szczepów Cms (B). Obraz komórek Cms immunopułapkowanych na opracowanym podłożu Immunosorpcyjnym (C) wykonany za pomocą skaningowego mikroskopu elektronowego przy powiększeniu 2500-krotnym.
  • Wytwarzanie koloidów metali (złota, srebra, platyny i miedzi), mikrosfer magnetycznych oraz ich wykorzystanie w diagnostyce patogenów ziemniaka.
Nanocząteczki złota koloidalnego (20-30 nm) uzyskane przez redukcję kwasu chlorozłotowego (A). Mikrosfery krzemionkowe (400-500 nm) wytworzone z czteroetoksysilanu (TEOS) w amoniakalnym roztworze metanolu (B). Polianilina powstała podczas wolnorodnikowej polimeryzacji aniliny w kwaśnym środowisku (C). Wytworzone mikrosfery magnetyczne przed (I) i po zebraniu na magnesie (II). Stanowisko z magnesem (III) bez probówki (D). Wykrywanie PLRV za pomocą ELISA z wykorzystaniem mikrosfer magnetycznych, na których powierzchni związano przeciwciała specyficzne wobec PLRV (E).
  • Wykorzystanie odpadów przemysłu ziemniaczanego (wycierki, wód) do pozyskiwania cennych substancji białkowych, w tym peroksydaz, białkowych inhibitorów proteaz oraz białek o aktywności antybiotycznej względem mikroorganizmów chorobotwórczych dla roślin i człowieka.
Heterogenność molekularna natywnych form peroksydaz ekstrahowanych z wycierki ziemniaczanej (od 2,5 do 10g). Rozdział elektroforetyczny prowadzono w żelu poliakrylamidowym w warunkach natywnych. Aktywność wybarwiono za pomocą 3,3', 5,5’-czterometylobenzydyny (A). Skuteczność usuwania różnych fenoli z wody przez peroksydazę z wycierki ziemniaczanej. Wyjściowa zawartość fenolu - 100% (B).
  • Prace nad metodami szybkiej identyfikacji odmian ziemniaka na podstawie profilu elektroforetycznego białek bulw ziemniaka oraz profilu DNA z zastosowaniem wzorców z kolekcji odmian utrzymywanej w banku genów ziemniaka.
Identyfikacja odmian ziemniaka za pomocą ekektroforezy natywnej. Harp - wzorzec odmiany Harpun, Pas - wzorzec odmiany Pasat. 1-7 - ziemniaki zidentyfikowane jako odmiana Harpun. M - wzorzec masy molekularnej.
  • Poszukiwanie i charakterystyka enzymów, których aktywność może być markerem odporności odmian ziemniaka na stres biotyczny i abiotyczny.
  • Badania nad ograniczeniem rozprzestrzeniania się bakteryjnych i grzybowych patogenów ziemniaka poprzez opracowywanie metod dezynfekcji powierzchni bulw, pomieszczeń, kontenerów i sprzętu rolniczego.
design by VENTI