Zakład Genomiki Funkcjonalnej

Zespół badawczy prof. dr hab. Anny Nadolskiej-Orczyk

• Dr inż. Sebastian Gasparis, adiunkt
• Dr Adnan Iqbal, postdoc
• Dr Mateusz Przyborowski, asystent
• Dr inż. Karolina Szala, asystent
• Dr inż. Bartosz Jabłoński, asystent
• Mgr Sylwia Kowalik, asystent
• Mgr inż. Joanna Bocian, doktorant Szkoły Doktorskiej AgroBioTech
• Mgr Michał Miłoszewski, doktorant Szkoły Doktorskiej AgroBioTech
• Mgr Gabriela Cienkusz, inżynier
• Mgr Monika Samoń, inżynier

Zespół badawczy prof. dr hab. Wacława Orczyk

• Dr Marta Dmochowska-Boguta, adiunkt
• Dr Yuliya Kloc, adiunkt
• Mgr Paweł Poznański, doktorant Szkoły Doktorskiej AgroBioTech
• Mgr Sylwia Parzonko, inżynier

Personel techniczny

• Małgorzata Wojciechowska
• Izabela Skuza
• Agnieszka Głowacka

Główne tematy badawcze:

1. Strategie użycia dwuniciowego RNA (dsRNA), chitozanu, nanocząstek chitozanu (ChNPs) oraz kompleksów dsRNA-ChNPs w celu ochrony roślin przed patogenami (W. Orczyk, A. Hameed, P. Poznański).
2. Badania genetycznej regulacji cytokinin zmierzające do opracowania ideotypu wysokoplonującej rośliny pszenicy (A. Nadolska-Orczyk, B. Jabłoński, J. Bocian).
3. Badania czynników genetycznych i molekularnych związanych z wielkością i masą ziarna w jęczmieniu (S. Gasparis).
4. Analizy transkryptomiczne i charakterystyka biologicznych podstaw odpowiedzi roślin jęczmienia i reakcji patogena Fusarium graminearum (Fg) na traktowanie chitozanem, ChNPs i kompleksami dsRNA-ChNPs (W. Orczyk, A. Hameed, P. Poznański).
5. Doskonalenie metod biotechnologicznych takich jak transformacja genetyczna i roślinne kultury in vitro służących do otrzymywania ulepszonych genetycznie zbóż (A. Nadolska-Orczyk, S. Gasparis).
6. Rola i mechanizmy koregulacji ważnych hormonów roślinnych (cytokinin, auksyn, kwasu abscysynowego, brasinosteroidów) w procesach determinujących cechy plonotwórcze pszenicy (A. Nadolska-Orczyk, J. Bocian).
7. Charakterystyka struktury promotorów i czynników transkrypcyjnych odpowiedzialnych za regulację genów powiązanych z cytokininami (A. Nadolska-Orczyk, A. Iqbal).
8. Badania procesów i analiza genów warunkujących tolerancję na stresy abiotyczne, głównie suszę (M. Przyborowski).
9. Opracowanie narzędzi przyspieszających hodowlę pszenicy zwyczajnej oraz jęczmienia zwyczajnego - markery molekularne oraz metody uprawy typu speed breeding (M. Przyborowski).
10. Wykorzystanie technologii RNAi oraz edytowanie genów CRISPR/Cas9 w celu funkcjonalnej analizy HvGSK genów jęczmienia kodujących negatywny regulator szlaku transdukcji sygnałowej brasinosteroidów (Y. Kloc, W. Orczyk, M. Dmochowska-Boguta).
11. Edytowanie CRISPR/Cas9 i ukierunkowana mutageneza genów podatności jęczmienia w celu uzyskania roślin o podniesionej odporności na wirusa żółtej mozaiki jęczmienia BaYMV i wirusa łagodnej mozaiki jęczmienia BaMMV (W. Orczyk, M. Dmochowska-Boguta, Y. Kloc).
12. Charakterystyka genów pszenicy i jęczmienia oraz badania procesów istotnych w odporności roślin na wybrane patogeny (M. Dmochowska-Boguta, W. Orczyk).
13. Wykorzystanie procesów interferencji RNA (RNAi) oraz edytowania genów do poznania funkcji genów cech użytkowych zbóż (A. Nadolska-Orczyk, W. Orczyk, S. Gasparis, Y. Kloc).
14. Doskonalenie technik biologii molekularnej zbóż w tym edytowanie genów i aktywacja transkrypcyjna oraz technik bioinformatycznych (m.in. analizy genomiczne, transkryptomiczne i wysokoprzepustowe metody sekwencjonowania) (W. Orczyk, A. Hameed. S. Gasparis, A. Nadolska-Orczyk, A. Iqbal, Y. Kloc, M. Przyborowski).

Współpraca:

1. Centrum Zaawansowanych Materiałów i Technologii, Politechnika Warszawska, CEZAMAT, Warszawa.
2. Dr hab. A. Bajguz, prof. Uniwersytetu, Uniwersytet w Białystoku
3. Prof. dr hab. B. Hasiów-Jaroszewska, Instytut Ochrony Roślin – Państwowy Instytut Badawczy, Poznań
4. Prof. dr hab. Monika Rakoczy-Trojanowska, Katedra Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego, Warszawa.
5. Laboratorium Genomiki i Bioinformatyki, Instytut Immunologii i Terapii Eksperymentalnej im. Ludwika Hirszfelda Polskiej Akademii Nauk, Wrocław.

Projekty

1. Projekt NCN OPUS 18, kierownik prof. dr hab. Wacław Orczyk
   „Nanocząstki chitozanu funkcjonalizowane dwuniciowym RNA jako nowa strategia ochrony roślin”
   Finansowanie 2 327 640 / 4 lata (2020 – 2024)
2. Projekt NCN OPUS 19, kierownik prof. dr hab.  Anna Nadolska-Orczyk
   „Ideotyp wysokoplonującej rośliny pszenicy bazujący na genetycznej regulacji cytokinin”
   Finansowanie 2 196 480 zł / 4 lata (2021 – 2025)
3. Projekt NCN OPUS 20, kierownik dr inż. Sebastian Gasparis 
   „Identyfikacja i charakterystyka genów i innych czynników molekularnych warunkujących wielkość i masę ziarna w jęczmieniu (Hordeum vulgare L.)”
   Finansowanie 2 130 920 zł / 4 lata (2021 – 2026)
4. Projekt NCN Preludium, kierownik mgr Mateusz Przyborowski
   „Wpływ długotrwałej suszy o średniej intensywności na rozwój ziarna pszenicy (Triticum aestivum L.)”
   Finansowanie 210 000 zł / 3 lata (2020 – 2022)
5. Projekt NCN Preludium, kierownik dr Yuliya Kloc
   „Czy geny jęczmienia HvGSK1.1 i HvGSK1.2 biorą udział w tolerancji na zasolenie i regulacji cech warunkujących plon?”
   Finansowanie 210 000 zł / 3 lata (2020 – 2023)
6. Projekt MRiRW w ramach Badań Podstawowych na Rzecz Postępu Biologicznego w Produkcji Roślinnej, Zadanie 13. kierownik prof. dr hab. Wacław Orczyk
   „Ukierunkowana mutageneza genów podatności na infekcje wirusowe i uzyskanie roślin jęczmienia o podniesionej odporności na BaYMV i BaMMV”
   Finansowanie MRiRW 230 000 zł / rok (2021 - 2026)
7. Dotacja Celowa MRiRW, kierownik dr Mateusz Przyborowski
   „Speed breeding jako wsparcie hodowli w szybkim wyprowadzaniu odmian pszenicy zwyczajnej jarej (Triticum aestivum L.) oraz jęczmienia zwyczajnego jarego (Hordeum vulgare L.)”
   Finansowanie 1 342 282 zł (2021 - 2024)
8. Dotacja Celowa MRiRW, kierownik dr inż. Sebastian Gasparis
   Zad. 4.2 „Optymalizacja wybranych technik hodowli roślin dla pszenicy i pszenżyta.”
   Finansowanie 1 857 600 zł (2022)
9. Dotacja Celowa MRiRW, kierownik dr Mateusz Przyborowski
   Zad 4.1 „Optymalizacja ukierunkowanej mutagenezy na potrzeby hodowli pszenicy oraz pszenżyta.”
   Finansowanie 1 355 896 zł (2023 - 2024)
10. MINIATURA-8, kierownik: dr inż. Karolina Maria Szala
    „Przygotowanie systemu CRISPR/Cas9 i edycja genów ALI-1 i An-2 w pszenicy zwyczajnej (Triticum aestivum L.) w celu badania ich wpływu na gospodarkę fitohormonalną oraz rozwój i ościstość kłosów.”
    Finansowanie 49 500 zł w 2024 (2024-2025)

Publikacje (od 2021)

1. Szala, K.; Dmochowska-Boguta, M.; Bocian, J.; Orczyk, W.; Nadolska-Orczyk, A. 2024. High or low yielding F₂ progeny of wheat is the result of specific TaCKX gene coexpression patterns and grain yield in paternal parent. Int. J. Mol. Sci. 25, 3553. https://doi.org/10.3390/ijms25063553.
2. Kloc Y., Dmochowska-Boguta M., Żebrowska-Różańska P., Łaczmański Ł., Nadolska-Orczyk A., Orczyk W. 2024. HvGSK1.1 Controls Salt Tolerance and Yield through the Brassinosteroid Signaling Pathway in Barley. Int. J. Mol. Sci. 2024, 25(2), 998; https://doi.org/10.3390/ijms25020998
3. Iqbal A., Bocian J., Przyborowski M., Orczyk W., Nadolska-Orczyk A. 2024. Are TaNAC Transcription Factors Involved in Promoting Wheat Yield by cis-Regulation of TaCKX Gene Family? Int. J. Mol. Sci. 2024, 25(4), 2027; https://doi.org/10.3390/ijms25042027
4. Krepski T, Piasecka A, Swiecicka M, Kanczurzewska M, Sawikowska A, Dmochowska-Boguta M, Rakoczy-Trojanowska M, Matuszkiewicz M (2024). Leaf rust (Puccinia recondita f. sp. secalis) triggers substantial changes in rye (Secale cereale L.) at the transcriptome and metabolome levels. BMC Plant Biol 24: 107. http://dx.doi.org/10.1186/s12870-024-04726-0
5. Azad R, Krępski T, Olechowski M, Biernacik B, Święcicka M, Matuszkiewicz M, Dmochowska-Boguta M, Rakoczy-Trojanowska M (2024). Genotype-Specific Expression of Selected Candidate Genes Conferring Resistance to Leaf Rust of Rye (Secale cereale L.). Genes 15: 275, 275. http://dx.doi.org/10.3390/genes15030275
6. Poznanski P., Dmochowska-Boguta M., Bryla M., Hameed A., Orczyk W. 2023. Low Molecular Weight and High Deacetylation Degree Chitosan Batch Alleviates Pathogenesis, Toxin Accumulation, and Fusarium Gene Regulation in Barley Leaf Pathosystem. Int. J. Mol. Sci. 24, str 2-24; ISSN: 1422-0067; https://doi.org/10.3390/ijms241612894
7. Poznanski P., Hameed A., Orczyk W. 2023. Chitosan and Chitosan Nanoparticles: Parameters Enhancing Antifungal Activity. Molecules 28, 2996, str. 2-16; ISSN: 1420-3049; https://doi.org/10.3390/molecules28072996
8. Gasparis S., Miłoszewski M. 2023. Genetic basis of grain size and weight in rice, wheat, and barley.      Int. J. Mol. Sci. 24(23) 16921. https://doi.org/10.3390/ijms242316921
9. Transgenerational Paternal Inheritance of TaCKX GFMs Expression Patterns Indicate a Way to Select Wheat Lines with Better Parameters for Yield-Related Traits. Int. J. Mol. Sci. 24(9), 8196, pp. 1 – 24. https://doi.org/10.3390/ijms24098196
10. Kowalik S., Groszyk J. 2023. Profiling of Barley, Wheat, and Rye FPG and OGG1 Genes during Grain Germination. Int. J. Mol. Sci. 24(15), 12354. 10.3390/ijms241512354
11. Szala K., Dmochowska-Boguta M., Bocian J., Orczyk W., Nadolska-Orczyk A. 2023.
12. Bocian J., Nadolska-Orczyk A. 2023. Udział genów szlaku biosyntezy cytokinin w determinacji wysokości plonu pszenicy. Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin 300, 1-9. E-ISSN: 2657–8913; DOI: 10.37317/biul-2023-0012
13. Iqbal A., Bocian J., Hameed A., Orczyk W., Nadolska-Orczyk A. 2022. Cis-Regulation by NACs: A Promising Frontier in Wheat Crop Improvement. Int. J. Mol. Sci. 23(23), 15431. https://doi.org/10.3390/ijms232315431
14. Groszyk J., Przyborowski M. 2022. Inhibition of the Glycogen Synthase Kinase 3 Family by the Bikinin Alleviates the Long-Term Effects of Salinity in Barley. Int. J. Mol. Sci. 23(19), 1 – 23. 10.3390/ijms231911644
15. Hameed A., Poznanski P., Noman M., Ahmed T., Iqbal A., Nadolska-Orczyk A., Orczyk W. 2022. Barley Resistance to Fusarium graminearum Infections: From Transcriptomics to Field with Food Safety Concerns. Journal of Agricultural and Food Chemistry         70, 14571–14587. https://doi.org/10.1021/acs.jafc.2c05488
16. Hameed A., Orczyk W. 2022. Nanoscale Carriers for Enhanced Delivery of Nucleotide- and Peptide-Reagents to Plants. Protein & Peptide Lett., 29, 281 – 283. 10.2174/0929866529666220225101218
17. Hameed A., Poznanski P., Nadolska-Orczyk A., Orczyk W. 2022. Graph Pangenomes Track Genetic Variants for Crop Improvement. Int. J. Mol. Sci. 23, 13420. doi.org/10.3390/ijms232113420
18. Jablonski B, Bajguz A, Bocian J, Orczyk W, Nadolska‐Orczyk A. 2021. Genotype‐dependent effect of silencing of TaCKX1 and TaCKX2 on phytohormone crosstalk and yield‐related traits in wheat. Int. J. Mol. Sci.  22, 11494, https://doi.org/10.3390/ijms222111494
19. Gasparis S, Przyborowski M, Nadolska-Orczyk A. 2021. Genome-Wide Identification of Barley Long Noncoding RNAs and Analysis of Their Regulatory Interactions during Shoot and Grain Development. Int. J. Mol. Sci.  22, 5087. https://doi.org/10.3390/ijms22105087
20. Jablonski B, Szala K, Przyborowski M, Bajguz A, Chmur M, Gasparis S, Orczyk W, Nadolska-Orczyk A. 2021. TaCKX2.2 Genes Coordinate expression of other TaCKX family members, regulate phytohormone content and yield-related traits of wheat. Int. J. Mol. Sci. 1, 22, 4142. https://doi.org/10.3390/ijms22084142
21. Dmochowska-Boguta M, Kloc Y, Orczyk W. 2021. Polyamine Oxidation Is Indispensable for Wheat (Triticum aestivum L.) Oxidative Response and Necrotic Reactions during Leaf Rust (Puccinia triticina Eriks.) Infection. Plants 10, 2787. https://www.mdpi.com/2223-7747/10/12/2787

Wybrane publikacje (od 2010)

1. Szala K, Ogonowska H, Lugowska B, Zmijewska B, Wyszynska R, Dmochowska-Boguta M, Orczyk W, Nadolska-Orczyk A. 2020. Different sets of TaCKX genes affect yield-related traits in wheat plants grown in a controlled environment and in field conditions. BMC Plant Biol 20:496, 1-13, https://doi.org/10.1186/s12870-020-02713-9
2. Kloc Y, Dmochowska-Boguta M, Zielezinski A, Nadolska-Orczyk A, Karlowski WM, Orczyk W. 2020. Silencing of HvGSK1.1—A GSK3/SHAGGY-Like Kinase–Enhances Barley (Hordeum vulgare L.) Growth in Normal and in Salt Stress Conditions. Int. J. Mol. Sci., 21, 6616; doi:10.3390/ijms21186616, https://doi.org/10.3390/ijms21186616
3. Gasparis, S., Przyborowski, M., 2020. An Optimized RNA-Guided Cas9 System for Efficient Simplex and Multiplex Genome Editing in Barley (Hordeum vulgare L.). In: Islam, M. T., et al., Eds.), CRISPR-Cas Methods. Springer US, New York, NY, pp. 117-142, https://doi.org/10.1007/978-1-0716-0616-2_8
4. Przyborowski M, Gasparis S, Kala M, Orczyk W, Nadolska-Orczyk A. 2020. The variability of puroindoline-encoding alleles and their influence on grain hardness in modern wheat cultivars cultivated in Poland, breeding lines, and Polish old landraces (Triticum aestivum L). Agronomy 10 (8), 1075; doi:10.3390/agronomy10081075, https://doi.org/10.3390/agronomy10081075
5. Dmochowska-Boguta M, Kloc Y, Zielezinski A, Werecki P, Nadolska-Orczyk A, Karlowski WM, Orczyk W. 2020. TaWAK6 encoding wall-associated kinase is involved in wheat resistance to leaf rust similar to adult plant resistance. PLoS One 15, e0227713. doi.org/10.1371/journal.pone.0227713 https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0227713
6. Jablonski B, Ogonowska H, Szala K, Bajguz A, Orczyk W, Nadolska-Orczyk A. 2020. Silencing of TaCKX1 mediates expression of other TaCKX genes to increase yield parameters in wheat. Int. J. Mol. Sci., 21, 4809; https://doi:10.3390/ijms21134809
7. Swiecicka M, Dmochowska-Boguta M, Orczyk W, Gradzielewska A, Stochmal A, Kowalczyk M, Bolibok L, Rakoczy-Trojanowska M. 2020. Changes in benzoxazinoid contents and the expression of the associated genes in rye (Secale cereale L.) due to brown rust and the inoculation procedure. PLoS One 15: e0233807. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0233807
8. Ogonowska H, Barchacka K, Gasparis S, Jabłoński B, Orczyk W, Dmochowska-Boguta M, Nadolska-Orczyk A. 2019. Specificity of Expression of TaCKX Family Genes in Developing Plants of Wheat and Their Co-Operation Within and Among Organs. PLoS ONE 14 (4):e0214239. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0214239
9. Gasparis S., Przyborowski M., Kała M., Nadolska-Orczyk A 2019. Knockout of the HvCKX1 or HvCKX3 Gene in Barley (Hordeum vulgare L.) by RNA‐Guided Cas9 Nuclease Affects the Regulation of Cytokinin Metabolism and Root Morphology. Cells, 8, 782: 1-25, doi:10.3390/cells8080782 https://doi.org/10.3390/cells8080782
10. Bajguz A, Orczyk W, Golebiewska A, Chmur M, Piotrowska-Niczyporuk A. 2019. Occurrence of brassinosteroids and influence of 24-epibrassinolide with brassinazole on their content in the leaves and roots of Hordeum vulgare L. cv. Golden Promise. Planta 249, 123-137. https://link.springer.com/article/10.1007/s00425-018-03081-3
11. Gasparis S., Kała M., Przyborowski M., Łyżnik L., Orczyk W., Anna Nadolska-Orczyk. 2018. A simple and efficient CRISPR/Cas9 platform for induction of single and multiple, heritable mutations in barley (Hordeum vulgare L.). Plant Methods, 4:111. https://doi.org/10.1186/s13007-018-0382-8
12. Groszyk J, Yanushevska Y, Zieleziński A, Nadolska-Orczyk A, Karłowski WM, Orczyk W. 2018. Annotation and profiling of barley GLYCOGEN SYNTHASE3/Shaggy-like genes indicate shift in organ-preferential expression. PLoS ONE 13(6):e0199364. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0199364
13. Gasparis S., Yanushevska Y., Nadolska-Orczyk A. 2017. Bioinformatic identification and expression analysis of new microRNAs from wheat (Triticum aestivum L.). Acta Physiol. Plant., 39:236;1-13. DOI 10.1007/s11738-017-2530-6. https://doi.org/10.1007/s11738-017-2530-6
14. Nadolska-Orczyk A, Rajchel IK, Orczyk W, Gasparis S. 2017. Major genes determining yield-related traits in wheat and barley. Theor. Appl. Genet., 130:1081–1098, DOI : https:// doi.org/10.1007/s00122-017-2880-x.  https://doi.org/10.1007/s00122-017-2880-x
15. Gasparis S., Kała M., Przyborowski M., Orczyk W., Nadolska-Orczyk A. 2017. Artificial MicroRNA-Based Specific Gene Silencing of Grain Hardness Genes in Polyploid Cereals Appeared to be not Stable over Transgenic Plant Generations. Frontiers in Plant Science, 7:1-13, doi: 10.3389/fpls.2016.02017. https://doi.org/10.3389/fpls.2016.02017
16. Dmochowska-Boguta M.,  Alaba S., Yanushevska Y., Piechota U., Lasota E., Nadolska-Orczyk A., Karlowski WM., Orczyk W. 2015. Pathogen regulated genes in wheat isogenic lines differing in resistance to brown rust Puccinia triticina. BMC Genomics, 16:742;1-17. DOI 10.1186/s12864-015-1932-3. https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-015-1932-3
17. Zalewski W., Gasparis S., Boczkowska M., Rajchel I.K., Kała M., Orczyk W., Nadolska-Orczyk A. 2014. Expression patterns of HvCKX genes indicate their role in growth and reproductive development of barley. PloS ONE 9(12)1-20: e115729. doi:10.1371/journal.pone.0115729. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0115729
18. Dmochowska-Boguta M., Nadolska-Orczyk A., Orczyk W. 2013. Roles of peroxidases and NADPH oxidases in the oxidative response of wheat (Triticum aestivum) to brown rust (Puccinia triticina) infection. Plant Pathol. 62:993-1002. Doi: 10.1111/ppa.12009. https://bsppjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/ppa.12009
19. Gasparis S., Orczyk W., Nadolska-Orczyk A. 2013. Sina and Sinb genes in triticale do not determine grain hardness contrary to their orthologs Pina and Pinb in wheat. BMC Plant Biology, 13:190:1-12. http://www.biomedcentral.com/1471-2229/13/190
20. Zalewski W., Orczyk W., Gasparis S., Nadolska-Orczyk A. 2012. HvCKX2 gene silencing by biolistic or Agrobacterium-mediated transformation in barley leads to different phenotypes. BMC Plant Biology, 12:206:1-12.  http://www.biomedcentral.com/1471-2229/12/206
21. Binka A., Orczyk W., Nadolska-Orczyk A. 2012. The Agrobacterium-mediated transformation of common wheat (Triticum aestivum L.) and triticale (x Triticosecale Wittmack): role of the binary vector systems and selection cassettes. J. Appl. Genet. 53:1-8. DOI: 10.1007/s13353-011-0064-y. https://doi.org/10.1007/s13353-011-0064-y
22. Kawałek A., Dmochowska-Boguta M., Nadolska-Orczyk A., Orczyk W. 2012. A new BSMV-based vector with modified β molecule allows simultaneous and stable silencing of two genes. Cell. Mol. Biol. Lett. 17: 107-123. DOI: 10.2478/s11658-011-0041-9. https://www.degruyter.com/document/doi/10.2478/s11658-011-0041-9/html
23. Gasparis S., Orczyk W., Zalewski W., Nadolska-Orczyk A. 2011. The RNA-mediated silencing of one of the Pin genes in allohexaploid wheat simultaneously decreases the expression of the other and increases grain hardness. J. Exp. Bot. 62 (11): 4025-4036. DOI:10.1093/jxb/err103. https://doi.org/10.1093/jxb/err103
24. Zalewski W., Galuszka P., Gasparis S., Orczyk W., Nadolska-Orczyk A. 2010. Silencing of the HvCKX1 gene decreases the cytokinin oxidase/dehydrogenase level in barley and leads to higher plant productivity. J. Exp. Bot. 61 (6): 1839-1851. DOI:10.1093/jxb/erq052. https://doi.org/10.1093/jxb/erq052
25. Orczyk W., Dmochowska-Boguta M., Czembor H.J., Nadolska-Orczyk A. 2010. Spatiotemporal patterns of oxidative burst and micronecrosis in resistance of wheat to brown rust infection. Plant Pathol. 59: 567-575. DOI: 10.1111/j.1365-3059.2010.02257.x. https://bsppjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/j.1365-3059.2010.02257.x

Wybrane publikacje (2009 - 2000)

1. Nadolska-Orczyk A., Gasparis S., Orczyk W. 2009. The determinants of grain texture in cereals. J. Appl. Genet. 50: 185-197. https://link.springer.com/article/10.1007/BF03195672
2. Gasparis S., Bregier C., Orczyk W., Nadolska-Orczyk A. 2008. Agrobacterium-mediated transformation of oat (Avena sativa L) cultivars via immature embryo and leaf explants. Plant Cell Rep. 27: 1721-1729. DOI: 10.1007/s00299-008-0593-y https://link.springer.com/article/10.1007/s00299-008-0593-y
3. Przetakiewicz J., Nadolska-Orczyk A., Kuc D., Orczyk W. 2007. Tetraploid somatic hybrids of potato (Solanum tuberosum L.) obtained from diploid breeding lines. Cell Mol. Biol. Lett. 12: 253-267. https://link.springer.com/article/10.2478/s11658-006-0068-5
4. Nadolska-Orczyk A., Pietrusinska A., Binka-Wyrwa A., Kuc D, Orczyk W. 2007. Diploid potato (Solanum tuberosum L.) as a model crop to study transgene expression. Cell Mol. Biol. Lett. 12: 206-219. https://link.springer.com/article/10.2478/s11658-006-0064-9
5. Nadolska-Orczyk A., Przetakiewicz A., Kopera K., Binka A., Orczyk W. 2005. Efficient method of Agrobacterium-mediated transformation for triticale (x Triticosecale Wittmack). J. Plant Growth Reg. 24: 2-10. IF = 2.8. https://link.springer.com/article/10.1007/s00344-004-0046-y
6. Przetakiewicz A., Karaś A., Orczyk W., Nadolska-Orczyk A. 2004. Agrobacterium-mediated transformation of polyploid cereals. The efficiency of selection and transgene expression in wheat. Cell Mol. Biol. Lett. 9: 903-917.
7. Przetakiewicz A., Orczyk W., Nadolska-Orczyk A. 2003. The effect of auxin on plant regeneration of wheat, barley and triticale. Plant Cell, Tissue Org. Cult. 73: 245-256. https://link.springer.com/article/10.1023/A:1023030511800
8. Przetakiewicz J., Nadolska-Orczyk A., Orczyk W. 2002. The Use of RAPD and Semi-random Markers to Screen Somatic Hybrids Between Diploid Lines of Solanum tuberosum L. Cell Mol. Biol. Lett. 7:  6711-676.
9. Nadolska-Orczyk A., Orczyk W. 2000. Study of the factors influencing Agrobacterium-mediated transformation of pea (Pisum sativum L.). Mol. Breed. 6: 185-194 https://link.springer.com/article/10.1023/A:1009679908948

Patenty

1. Przyborowski M., Nadolska-Orczyk A. Test molekularny zawierający zestaw starterów do jednoczesnej identyfikacji trzech alleli genu Pinb. Wniosek patentowy złożony w UP RP 30.10.2020, nr P.435854.
2. Gasparis S., Orczyk W., Jończyk M., Sowiński P., Nadolska-Orczyk A. 2018. Sekwencja nukleotydowa syntetycznego genu Cas9, kaseta kierująca sgRNA do edytowania genomu roślinnego i wydajny system do ukierunkowanej mutagenezy wybranego regionu genomu roślinnego. Patent nr 235163 udzielony przez Urząd Patentowy RP, 06.07.2020.
3. Orczyk W., Nadolska-Orczyk A., Dmochowska-Boguta M. 2011. Sposób wyciszania genu rośliny zbożowej oraz wektor wirusowy do wyciszania rośliny zbożowej. Patent udzielony przez Urząd Patentowy RP 07.12.2017
4. A DNA cassette, binary vector, and strain of A. tumefaciens and a method of producing cereal plant of increased productivity and/or root mass. Nadolska-Orczyk A., Galuszka P., Zalewski W., Orczyk W. Patent udzielony przez Urząd Patentowy Kanady – Numer CA 2 762 556 (V88127CA); data udzielenia 11.04.2017
5. Nadolska-Orczyk A., Galuszka P., Zalewski W., Orczyk W. Kaseta DNA, wektor binarny, szczep A. tumefaciens oraz sposób otrzymywania rośliny zbożowej o zwiększonej produktywności i/lub masie korzenia. Zgłoszenie numer P.388118. Patent udzielony przez Urząd Patentowy RP - NR 222498; data udzielenia 31.08.2016
6. A DNA cassette, binary vector, and strain of A. tumefaciens and a method of producing cereal plant of increased productivity and/or root mass. Nadolska-Orczyk A., Galuszka P., Zalewski W., Orczyk W. Patent udzielony przez Urząd Patentowy Australii – Numer 388118; data udzielenia 12.05.2016
7. New DNA cassette comprising an expression promoter, cereal CKX cytokinin oxidase gene, intron, and transcription terminator, useful for increasing the productivity and/or root mass of cereal plants. Nadolska-Orczyk A., Galuszka P., Zalewski W., Orczyk W.  Patent Number:  WO2010138011-A1 02 Dec 2010; AU2010253552-A1 08 Dec 2011; CA2762556-A1 02 Dec 2010; EP2435574-A1 04 Apr 2012; US2012102600-A1 26 Apr 2012; EP2435574-B1 15 Jul 2015. Patent udzielony przez Europejski Urząd Patentowy – EP2435574-B1; data udzielenia 15.07.2015
8. Nadolska-Orczyk A., Bińka A., Orczyk W. T-DNA wektora binarnego do zwiększania wydajności ekspresji transgenu u roślin oraz sposób zwiększania ekspresji transgenu u roślin. Patent nr PL 219560 udzielony przez Urząd Patentowy RP 29.05.2015 WUP 05/15.

Wnioski patentowe

Nagrody i wyróżnienia

1. Anna Nadolska-Orczyk, Sebastian Gasparis, Wacław Orczyk, Yuliya Kloc. Wyróżnienie za cykl publikacji pt.: Badania roli ważnych użytkowo genów w kształtowaniu rozwoju i produktywności zbóż przy użyciu nowoczesnych narzędzi molekularnych przyznane przez II Wydział Nauk Biologicznych i Rolniczych Polskiej Akademii Nauk, Warszawa, 2021.
2. Anna Nadolska-Orczyk, Wacław Orczyk, Sebastian Gasparis, Marta Dmochowska-Boguta, Wojciech Zalewski. Nagroda za wybitne osiągniecie badawcze pt.: Biotechnologia zbóż: wprowadzenie technologii RNAi oraz innych metod genomiki funkcjonalnej w celu w celu określenia funkcji genów oraz uzyskania linii jęczmieni, pszenicy i pszenżyta o ulepszonych cechach agronomicznych przyznana przez II Wydział Nauk Biologicznych i Rolniczych Polskiej Akademii Nauk, Warszawa, 2014.
3. Wojciech Zalewski, praca doktorska, promotor Profesor dr hab. Anna Nadolska-Orczyk, Nagroda Prezesa Rady Ministrów za wybitną prace doktorską, Warszawa, 2014.
4. Agnieszka Bińka, praca doktorska, promotor Profesor dr hab. Anna Nadolska-Orczyk, Nagroda Prezesa Rady Ministrów za wybitną prace doktorską, Warszawa, 2012
5. Coroczne nagrody Dyrektora Instytutu dla indywidualnych naukowców Zakładu Genomiki Funkcjonalnej i (poprzednio) Zakładu Inżynierii Genetycznej za publikowanie wyników w czasopismach międzynarodowych z wysokim współczynnikiem wpływu IF.