Zadanie 3.10
Tytuł projektu: | Identyfikacja markerów molekularnych SNP zasocjowanych z zawartością tłuszczu, białka i włókna w nasionach rzepaku ozimego. |
Kierownik projektu: | dr A. Łopatyńska |
Szczegółowy opis zakresu rzeczowego zadań w 2025r.:
Opis zadania:
W roku 2025 planowane jest dalsze opracowywanie uzyskanych w roku 2024 wyników mapowania asocjacyjnego cech zawartości tłuszczu, białka i włókna (ADF i NDF). Ze zidentyfikowanych markerów SNP powtarzających istotne sprzężenie z badanymi cechami we wszystkich trzech latach obserwacji zostaną wybrane te, które wykazują najsilniejszą asocjację oraz te, które sprzężone są z dwoma lub trzema cechami jednocześnie. Dla tych markerów wykonane zostanie mapowanie fizyczne, aby zlokalizować je w genomie referencyjnym rzepaku. Pozwoli to ocenić, czy w ich bezpośrednim sąsiedztwie znajdują się geny kandydujące, które mogą mieć wpływ na ekspresję badanych cech.
Dodatkowo w roku 2025 planowana jest wstępna walidacja zidentyfikowanych markerów. Z populacji rzepaku, która posłużyła do mapowania w poprzednich latach, zostanie wybranych ok. 150 genotypów, charakteryzujących się skrajnymi wartościami cech biochemicznych. Dla 10 markerów SNP, silnie sprzężonych z badanymi cechami, zostaną zaprojektowane i zsyntetyzowane startery. Z wytypowanych 150 linii rzepaku wyizolowany zostanie DNA, a następnie wykonane zostaną reakcje PCR, co pozwoli zweryfikować czy dany marker istotnie wykazuje sprzężenie z wysoką / niską zawartością danego składnika w nasionach.
Dokładna walidacja markerów jest jednak o wiele dłuższym i bardziej złożonym procesem – opisane wyżej postępowanie dotyczy tylko wstępnej selekcji markerów i testowania zaprojektowanych dla nich starterów. Kolejnym etapem – o ile któryś ze zidentyfikowanych markerów będzie przejawiał potwierdzone już sprzężenie z cechą – musi być ich sprawdzenie na populacji o innym podłożu genetycznym. Dlatego z materiałów hodowlanych badanych na poletkach IHAR w Poznaniu wybrana zostanie populacja testowa (ok. 150-200 genotypów), na której zostaną wykonane analizy NIRS w celu oceny zawartości poszczególnych składników w nasionach. Następnym etapem będzie testowanie wybranych markerów SNP na tej właśnie populacji, przynajmniej w zakresie dwuletnich badań.